Tietosuoja-asetuksen 26 artiklassa säädetään yhteisrekisterinpidosta, kun vähintään kaksi rekisterinpitäjää määrittää yhdessä käsittelyn tarkoitukset ja keinot. Yhteisrekisterinpitäjät määrittelevät keskinäisellä järjestelyllä läpinäkyvällä tavalla kunkin vastuualueen tietosuoja-asetuksessa vahvistettujen velvoitteiden noudattamiseksi, paitsi jos ja siltä osin, kuin rekisterinpitäjiin sovellettavassa unionin oikeudessa tai jäsenvaltion lainsäädännössä määritellään rekisterinpitäjien vastuualueet. Erityisesti järjestelyssä on määritettävä vastuut rekisteröityjen oikeuksien käytön sekä tietosuoja-asetuksen 13 ja 14 artiklan tietojen toimittamista koskevien velvollisuuksien osalta. Yhteisrekisterinpitäjien keskinäisen järjestelyn ehdoista riippumatta rekisteröity voi käyttää tietosuoja-asetuksen mukaisia oikeuksiaan suhteessa kuhunkin rekisterinpitäjään ja kutakin rekisterinpitäjää vastaan. Yhteisrekisterinpitäjät eivät siis voi keskinäisellä järjestelyllään tehokkaasti ohjata rekisteröityä asioimaan vain tietyn yhteisrekisterinpitäjän kanssa.
Digi- ja väestötietovirasto sekä Ahvenanmaan valtionvirasto olisivat siis tietosuoja-asetuksen 26 artiklan mukaisia yhteisrekisterinpitäjiä suhteessa väestötietojärjestelmään. Väestötietolaissa säädettäisiin siitä, että kumpikin rekisterinpitäjä vastaa rekisteröidyn oikeuksien toteuttamisesta omassa toiminnassaan. Lisäksi laissa säädettäisiin siitä, kuinka muut tietosuoja-asetuksen mukaiset rekisterinpitovelvollisuudet ja vastuut jakautuvat Digi- ja väestötietoviraston ja Ahvenanmaan valtionviraston kesken. Rekisterinpitovastuuta ja väestötietojärjestelmän ylläpitoon liittyviä tehtäviä tarkennettaisiin väestötietolaissa lisäksi erillisillä säännöksillä, jotka koskevat tietojen ylläpitoa ja luovuttamista koskevia tehtäviä ja toimivaltaa. Siltä osin kuin väestötietolaissa ei erikseen säädetä tietosuoja-asetuksen mukaisten rekisterinpitovelvollisuuksien ja -vastuiden jakautumisesta erikseen Ahvenanmaan valtionviraston sekä Digi- ja väestötietoviraston kesken, Digi- ja väestötietovirasto vastaisi rekisterinpitäjän tehtävistä. Väestötietolaissa luovuttaisiin rekisterinpitovastuiden selkeyden vuoksi myös mahdollisuudesta sopia kunnan kanssa rekisterinpitovastuusta.
Maistraatteja ja Väestörekisterikeskusta koskevassa lainsäädännössä on nykyisellään säädetty laajasti toimijoiden yhteisrekisterinpidosta. Väestötietojärjestelmän rekisterinpitäjiä ovat väestötietolain 4 §:n nojalla Väestörekisterikeskus ja maistraatit. Rekisterihallintolain 3 §:n nojalla Ahvenanmaan maakunnassa maistraatille säädettyjä tehtäviä hoitaa Ahvenanmaan valtionvirasto, jollei erikseen toisin säädetä. Näin ollen nykyinen sääntely on tulkittavissa niin, että rekisterinpitovastuu on yhteinen Väestörekisterikeskuksen, kaikkien maistraattien ja Ahvenanmaan valtionviraston välillä. Väestötietolain 22 §:n 7 momentin nojalla Väestörekisterikeskus voi lisäksi sopia kunnan kanssa, että kunta vastaa rekisterinpitäjänä alueensa rakennushankkeita, rakennuksia ja huoneistoja koskevien tietojen lisäämistä, muuttamista tai korjaamista koskevien rekisterimerkintöjen tekemisestä väestötietojärjestelmään. Väestörekisterikeskus on solminut rekisterinpitäjäsopimuksen 62 kunnan kanssa. Väestötietolain 4 §:n 2 momentissa on säädetty, että Väestörekisterikeskus vastaa automaattisen tietojenkäsittelyn avulla pidetyn valtakunnallisen väestötietojärjestelmän yleisestä toimivuudesta ja tietotekniikasta, tietohallinnosta sekä rekisteritoimintojen yhtenäisyydestä. Kokonaisuudessaan rekisterinpitovastuun jakautuminen eri toimijoiden välillä on kuitenkin tulkinnanvaraista.
Luonnos hallituksen esitykseksi eduskunnalle Digi- ja väestötietovirastoa koskevaksi lainsäädännöksi sekä laeiksi eräiden rekisterihallintoa koskevien lakien muuttamisesta oli lausuntokierroksella 4.6.—10.8.2018. Lausuntokierroksella olivat mukana lakiehdotukset 1—5, 8, 11, 16, 19, 21, 23, 26—27, 32—33, 46—47, 52, 63 ja 75. Lausuntokierros toteutettiin oikeusministeriön ylläpitämää lausuntopalvelu.fi -palvelua käyttäen. Lausuntopyyntö lähetettiin 433 vastaanottajalle. Määräajassa lausunnon antoi 60 vastaajaa. Yhteensä 18 vastaanottajaa ilmoitti, etteivät ne anna lausuntoa asiassa. Annetuista lausunnoista on valmisteltu erillinen lausuntoyhteenveto, joka on julkaistu valtiovarainministeriön verkkosivuilla.
Kaikkeen Väestörekisterikeskuksen ja maistraattien tietojen käsittelyyn sovelletaan luonnollisten henkilöiden suojelusta henkilötietojen käsittelyssä sekä näiden tietojen vapaasta liikkuvuudesta ja direktiivin 95/46/EY kumoamisesta annettua Euroopan parlamentin ja neuvoston asetusta (EU) N:o 679/2016, jäljempänä tietosuoja-asetus, joka tuli sovellettavaksi jäsenvaltioissa 25 päivänä toukokuuta 2018. Väestörekisterikeskuksen ja maistraattien toiminnassa on erityisesti huomioitava tietosuoja-asetuksen rekisterinpitäjää koskeva sääntely laajan yhteisrekisterinpidon näkökulmasta.
Väestörekisterikeskus, maistraatit ja Ahvenanmaan valtionvirasto ylläpitävät seuraavia lakisääteisiä rekistereitä: väestötietojärjestelmä, holhousasioiden rekisteri, vihkimisoikeusrekisteri, avioehtoasioiden rekisteri, avoliittoasioiden rekisteri ja lahjoitusasioiden rekisteri. Rekistereitä koskeva lainsäädäntö sisältyy väestötietolakiin, holhoustoimilakiin, vihkimisoikeudesta annettuun lakiin sekä maistraattien eräistä henkilörekistereistä annettuun lakiin. Esityksen mukaan henkilörekistereitä koskeva sääntely keskitettäisiin väestötietojärjestelmää lukuun ottamatta uuteen lakiin Digi- ja väestötietoviraston eräistä henkilörekistereistä. Maistraattien eräistä henkilörekistereistä annettu laki kumottaisiin. Sääntelyn yhdistäminen on perusteltua tietojen käsittelyn yhdenmukaisuuden sekä sääntelyn selkeyden näkökulmasta. Samalla tarkistettaisiin sääntelyä niin, että käsittelyn tarkoituksen, tietosisällön ja tietojen luovuttamisen sääntely vastaisi paremmin tietosuoja-asetuksen sekä käytännön toiminnan vaatimuksia. Lisäksi tarkistettaisiin sääntelyn suhdetta viranomaisten toiminnan julkisuutta koskevaan yleislainsäädäntöön sääntelykokonaisuuden selkeyttämiseksi. Lisäksi olisi tarpeen tehdä muutoksia niihin lakeihin, joista sääntelyä keskitettäisiin uuteen Digi- ja väestötietoviraston eräistä henkilörekistereistä annettavaan lakiin sekä teknisiä muutoksia lakeihin, joissa viitattaisiin kyseiseen sääntelyyn.
Maistraattien eräistä henkilörekistereistä annetun lain mukaisia rekistereitä pitävät lain 2 §:n mukaan maistraatit yhdessä. Kukin maistraatti vastaa rekisteriin tallettamistaan tiedoista. Koska asiasta ei ole toisin säädetty, on myös Ahvenanmaan valtionvirasto katsottavissa rekisterihallintolain 3 §:n nojalla näiden rekisterien rekisterinpitäjäksi. Maistraateille ja Ahvenanmaan valtionvirastolle kuuluu rekisterinpitäjinä myös sellaisia tehtäviä, jotka käytännössä edellyttävät yhteistyötä, esimerkiksi rekisteriselosteen laatiminen (HE 123/2004 vp). Lisäksi rekisterien teknisestä toimivuudesta vastaa asetuksen nojalla Itä-Suomen aluehallintovirasto (valtioneuvoston asetus maistraattien eräistä henkilörekistereistä 225/2005). Vihkimisoikeudesta annetun lain mukaista vihkimisoikeusrekisteriä koskeva sääntely vastaa olennaisilta osin tässä kuvattua.